JunepA ist unter anderem in Regionalgruppen organisiert. Momentan existieren davon drei, die Gruppen Baden-Würtemberg, Nord, und Berlin. Die Regionalgruppen sind unabhängig und treffen eigenständige Entscheidungen, arbeiten aber auf überregionaler Ebene als JunepA zusammen.
Darüber hinaus arbeiten wir in AGs , um konkrete Aktionen vorzubereiten.